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三大miRNA表达谱平台的比较--EXIQON的miRCURY平台更胜一筹!
发布时间:2018-12-26????????浏览次数:85????????返回列表
摘要:对于富含miRNA的样品,如大部分组织样品,TaqMan和miRCURY平台都很有可能产生好的结果。然而,在对低丰度miRNA样品(如血浆样品)进行图谱分析时,miRCURY平台的高灵敏度和线性似乎更胜一筹。?
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为准确评估血浆中的miRNA水平,来自丹麦的研究人员对市场上常用的三个miRNA表达谱平台进行了比较。该研究成果发表在近期的《BMC Genomics》上。
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近几年来,microRNA(miRNA)的研究持续升温。在临床上,miRNA有潜力成为癌症的生物标志物。尽管miRNA在组织中很丰富,但它们在血浆中还是很稀少的。据报道,血浆中的总RNA水平大约在6-300 ng/ml,而miRNA只占了极小的一部分。因此,对于血浆中的miRNA定量,我们需要一个高灵敏度且在低浓度范围内有着线性表现的平台。
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基于这一目的,丹麦Aarhus University Hospital-Skejby的研究人员评估了三个常用的miRNA定量平台的性能。这三个平台分别为:Affymetrix的GeneChip miRNA 2.0 Array,Exiqon的miRCURY Ready-to-Use PCR, Human panel I+II V1.M以及ABI的TaqMan Human MicroRNA Array v3.0。利用加标有不同比例的174个合成miRNA的血浆样品,研究小组评估了三个平台的特异性、准确性、灵敏度和线性。
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他们发现,基于qRT-PCR的平台足够灵敏,能重复检测以人类血浆中丰度水平存在的miRNA,而芯片平台则不行。于是他们继续评估了这两个qRT-PCR平台的性能。结果表明,对于高水平的miRNA,两个qRT-PCR平台在特异性、重复性和回收率上都表现不错。而对于低水平的miRNA,miRCURY平台则表现出比TaqMan平台更好的灵敏度和线性。
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在TaqMan分析过程中,他们为改善灵敏度,还增加了预扩增步骤,但让人奇怪的是,TaqMan的灵敏度仍不敌miRCURY,这可能说明预扩增步骤在提高灵敏度的作用不如想象中的好。
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作者认为,对于富含miRNA的样品,如大部分组织样品,TaqMan和miRCURY平台都很有可能产生好的结果。然而,在对低丰度miRNA样品(如血浆样品)进行图谱分析时,miRCURY平台的高灵敏度和线性似乎更胜一筹。?